生物信息網?不可錯過的國內生物信息網點分享:北京大學生物信息中心、中國生物信息網、華大基因研究中心。1、北京大學生物信息中心 介紹:CBI成立于1997年3月,它是EMBnet 的中國節點,也是亞太生物信息網APBionet 的中國節點,網頁很值得去訪問一下。從PKUCBI可以立即進入EMBnet的主頁和若干重要生物數據庫的鏡像點。那么,生物信息網?一起來了解一下吧。
首先,生物信息學這個概念太大了,沒有詳細的方向。
1.如你想走序列分析可以參考NCBI,RDP,這兩個網站是做生物分子研究最常用的,下面這個里面的推薦網站可以看看,建議不要都去研究(如果你精力有限的話,學好NCBI這個是基礎),http://blog.renren.com/share/221052439/453520050和http://www.cnblogs.com/emanlee/archive/2011/08/07/2130360.html。
2.論壇的話:生物秀,小木蟲,生物信息學天空,丁香園等等
建議根據自己的需要或者研究方向,專門去攻破一項,比如核苷酸,比如蛋白質等等。要想全部學習構建完整系統的生物信息學框架,我個人覺得相對比較難。以上僅供參考,自己斟酌。加油。
韋恩圖
工具:Venny2.0
地址: http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
基因預測
工具:FGENESH
地址: http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind
phylogenetic
工具:iTOL
地址: http://itol.embl.de/index.shtml
啟動子區預測
工具:Promoter Scan
地址: http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
蛋白質一級結構分析
工具:PredictProte
地址: https://www.predictprotein.org/home
工具:ExPASy-ProtParam tool
地址: http://web.expasy.org/protparam/
信號肽
工具:SignalP
地址: http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
跨膜結構域
工具:TMHMM Server v. 2.0
地址: http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
蛋白質亞細胞定位
工具:PSORT II Prediction
地址: http://psort.hgc.jp/form2.html
蛋白質三級結構預測
工具:SWISS-MODEL
地址: http://swissmodel.expasy.org/interactive
短序列拼接
工具:Cap3
地址: http://doua.prabi.fr/software/cap3
多序列比對相似性展示
工具:SimiTriX-SimiTetra
地址: http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php
繪制GO注釋結果
工具:WEGO (Web Gene Ontology Annotation Plotting)
地址: http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl
蛋白質domain
工具:Pfam database
地址: http://pfam.xfam.org/
基因組雜合性評估
工具:GenomeScope (Estimate genome heterozygosity, repeat content, and size from sequencing reads using a kmer-based statistical approach)
地址: http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2
circos****圖
工具:CIRCOS (可以用來畫基因組數據的環狀圖,也可以用來繪制其它數據的相關環狀圖。
國外與生物信息學相關的網站有哪些
生物信息學高度依賴于網絡。實際上,你需要的幾乎所有資源,都可以從網上下到。你需要關注你研究領域所需要的那些,而不是全部的資源。
我原來常用的:
NCBI:持有INSDC的節點。網站上有核酸、蛋白、基因名、基因組名等等的搜索工具,以及BLAST序列比對搜索工具,PUBMED文獻數據庫,Taxonomy數據,COG蛋白家族庫等等。FTP可以下到它全部的數據庫,BLAST的單機程序,以及各種工具程序。
EBI:和NCBI類似,歐洲搞的對等物。感覺EBI網站比NCBI要清楚簡潔。另外EBI網站整合了更多的工具,比如多序列比對。
Uniprot:全蛋白庫。NCBI和EBI的蛋白庫來源于此。目前包括兩部分:SwissProt是人工校對過的,TrEMBL是自動校對的。
Pfam:蛋白家族庫。可以使用配套的HMMER進行搜索。比BLAST能找到更遠緣的東西,而且找到的東西是結構域。
Rfam:RNA的,類似Pfam。
RDP:16S rRNA庫。除了序列,它還有一個基于K-mer naive Bayesian model的rdp classifier,可以對輸入序列進行物種分類,效率和準確性較直接使用BLAST更高。
一 美國國家生物技術信息中心NCBI(National Center for
Biotechnology Information)
NCBI是一個極具人性化的網站,網站的主頁清晰的闡明了NCBI所做的工作及相關領域最新的熱點內容,新聞等。為了方便使用者更加熟練使用網站資源,NCBI在主頁清晰的標注了站點導航,非常便于初學者熟悉和掌握NCBI的站內資源。
另外,NCBI將其網站資源列于主頁左側,其中包括:SITE MAP, About NCBI, GenBank, Literature
databases, Molecular databases, Genomic biology, Tools, Research at
NCBI, Software engineering, Education, FTP site, Contact
information等等。
二EBI(European
BioinformaticsInstitute)歐洲生物信息研究所The European
Bioinformatics Institute(EBI)是目前國際上幾個重要分子生物信息網站之一,位置座落于英國The Wellcome Trust
Genome Campus。
生物信息工作者必備的國外重要的生物信息中心有EBI、EMBnet 、EMBL、NCBI。
數據庫是一切生物信息學工作的出發點。大量數據庫集中在一些國際或國家的生物信息中心。這些中心一般還提供數據庫檢索服務、檢索工具和各種免費軟件。分別介紹一批較為重要的國際和國內的生物信息中心和網點。所謂“重要”,當然是相對言。
有些學校或研究所的網頁包含某方面的有益信息,也就同真正的“中心”一樣列入名單。在這樣的前提下,疏漏和偶然入選都在所難免。國際生物信息資源和數據庫的免費自由使用,是以從事非營利的教育和科學研究為前提的,請不要利用學術性的免費數據庫從事商業活動。
1、EBI,歐洲生物信息學研究所(European Bioinformatics Institute)網址:http://www.ebi.ac.uk/(EBI主網頁,可鏈接到其他項目)http://www2.ebi.ac.uk/(各種數據和分析工具)http://www3.ebi.ac.uk/(EBI 的公眾服務網頁) ftp://ftp.ebi.ac.u k
介紹:1994年建立于英國劍橋。它的前身是位于德國海德堡的歐洲分子生物學實驗室的信息服務部門。
以上就是生物信息網的全部內容,1、EBI,歐洲生物信息學研究所(European Bioinformatics Institute)網址 :http://www.ebi.ac.uk/(EBI主網頁,可鏈接到其他項目) http://www2.ebi.ac.uk/ (各種數據和分析工具)http://www3.ebi.ac.uk/ (EBI 的公眾服務網頁) ftp://ftp.ebi.ac.u k 介紹:1994年建立于英國劍橋。