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自2001年來，模式動物研究所成員共承擔研究國家和省部級項目60余項，其中包括有國家“十五”攻關重點項目、國家“十一五”科技支撐重點課題、國家基礎研究重點項目、十五國家重大科技專項、973項目、863項目、國家杰出青年基金，國家自然科學基金重大項目、國家自然科學基金面上項目等，項目經費合同差雀金額近1.5億元。自2005年至今，我所科學家共發表SCI源論文百余篇 。
國家遺傳工程小鼠資源庫建立了成熟完善的轉基因、基因剔除和ENU化學誘變等基因組改造技術，運用國際上先進的BAC重組技術，成為亞洲最大的基因剔除技術服務中心，已經成功制備了300余種轉基因小鼠和基因敲除小鼠品系。通過科研合作和培訓等方式，向國內22個省市自治區的數百家科研單位、醫院及制藥企業提供各種小鼠模型，協助國內（包括香港）的百余個優秀實驗室開展轉基因與基因剔除小鼠的研究，合作單位幾乎囊括了國內所首基有的優秀科研院校。資源庫擁有豐富的疾病模型資源，是國際上最大的小鼠品系資源中心之一（500余種），其中包括糖尿病、腫瘤、心血管疾病、肥胖癥、發育缺陷等300多種人類者慶謹疾病的動物模型，其中擁有自主產權的疾病模型已經超過100種。同時，建立了完善的質量管理體系，于2006年通過國際AAALAC論證 。
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這旦卜些動物都是來自大自模判穗然中或者通過人工繁衍，人工養殖的方式得來的，盈利模式是通過這些動物在動物園的表演以及門沖鍵票進行盈利。
研究所的主要學科發豎臘展方向物纖吵是遺傳學與功能基因組學。遺傳學和功能基因組學是現代生物學的核心學科，其發展對其它生物醫學領域的發展有關鍵性的輻射作用。它的發展目標是通過引進優秀專業人才，形成具有國際水平的研究群體和學科梯隊，開展基礎性、創新性研究，加強與國際、國內優秀研究群體的合作，大力發展遺傳學和功能基因組學的研究和學科罩侍建設，最終使之成為集科技資源服務、科學研究和人才培養為一體的國家級基地 。
研究院集研發、科技支撐和人才培訓于一體，依托南京大學在疾病模型研發領域國際領先的科技、人才和信息優勢，瞄準未來國際生物醫藥的發展方向，在南京高新區打造國際知名的、引領全國乃至世界的“生物谷”。該研究院依托南京大學模式兄源悶動物研究所和藥物開發國際合作，力爭經過五年的建設，在現有教育部重點裂遲實驗室的基礎上，發展成為國家重點實驗室。同時，還將依托南京大學的教學資質和研究院的科技隊伍和科技資源，為國內外，特別是南京市和高新開發區培育生物醫藥行業高羨彎層次的創新人才、技術人才和管理人才，為產業聚集營造人才保障和人力資源庫。
