目錄世界兩大生物數據庫 生物信息數據庫分級 世界三大生物數據庫 生物信息三大數據庫 生物信息數據庫有哪些
按大小可以分為1.公共數據庫
2. 從公共數據庫中取數據做進一步處理的專業數據庫,提供更多的分析
按功能分可以有
基因庫GENEBANK,蛋白庫辯讓帶UNIPROT, 結構庫攜蘆PDB, 功能分類 GO庫,通路庫 KEGG。
不用專注于4這個數字。隨著科研的進步還會有更多的數滑蠢據庫出來。
三大國際生物資派歲純源數據庫的重要性和意義
NCBI (National Center for Biotechnology Information,美國國立生物技術信息中心)于1988年11月4日建立,是NIH(美國國立衛生研究院)的雀凱NLM(國立醫學圖書館)的一個分支。目的是通過提供在線生物學數據和生物信息學分析來幫助人類更好的認知生物學問題。 目前有將近40個在線的文庫和分子生物學數據庫
為儲存和分析分子生物學、生物化學、遺傳學知識創建自動化;
從事研究基于計算機的信息處理過程的高級方法,用于分析生物學上重要的分子和化合物的結構與功能塵咐;
促進生物學研究人員和醫護人員應用數據庫和;
努力協作以獲取世界范圍內的生物技術信息。
一 美國國家生物技術信息中心NCBI(National Center for
Biotechnology Information)
NCBI是一個極具人性化的網站,網站的主頁清晰的闡明了NCBI所做的工作及相關領域最新的熱點內容,新聞等。為了方便使用者更加熟練使用網站資源,陸顫NCBI在主頁清晰的標注了站點導航,非常便于初學者熟悉和掌握NCBI的站內資源。
另外,NCBI將其網站資源列于主頁左側,其中包括:SITE MAP, About NCBI, GenBank, Literature
databases, Molecular databases, Genomic biology, Tools, Research at
NCBI, Software engineering, Education, FTP site, Contact
information等等。
二EBI(European
BioinformaticsInstitute)歐洲生物信息研究所The European
Bioinformatics Institute(EBI)桐悉褲是目前國際上幾個重要分子生物信息網站之一,位置座落于英國The Wellcome Trust
Genome Campus。EBI的任務就是確保分子生物與基因體的研究信息可以公開并且免費提供給科學社群,以促進科學進步。
EBI所提供的服務包括建立/維護數據庫、提供分子生物相關信息服務、執局簡行分子生物與計算分子生物研究;所服務的對象與研究人員擴及各產業,包括分子生物、基因體、醫學與農業學術研究、農業、生物技術、化學與制藥工業。
三DDBJ(DNAData Bank of
Japan)日本核酸數據庫
DDBJ(DNA Data Bank of Japan)
設立在日本國家遺傳研究所(NIG),于1986年開始DNA數據庫的構建工作。從一開始,DDBJ就作為國際性DNA數據庫之一,發揮著重要的作用。它
首先反映的是日本國內數據庫的資源,并與NCBI,EBI進行頻繁的國際性合作。DNA序列中蘊含了大量的數據資源,比起其它生物學數據,它在闡述進化方面的作用更為直接。因此,探求DNA數據庫,不僅是在生命科學方面的研究,更是為人類的發展謀福利。
DDBJ是日本唯一的DNA數據庫,它從研究者那里收集DNA 序列并且給數據提交者一個國際公認的編碼。DDBJ
主要從日本研究者那里收集數據,當然,它也接受外國研究者的數據并給以編碼。
國際著名的三大蛋白質數據庫有UniProt數據庫、The Human Protein Atlas數據庫、PhosphoSitePlus數據庫升者陪。
1、UniProt數據庫
蛋白組學常用數據庫UniProt(全稱UniProt Protein Resource),建立于1986年,由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白質數據庫聯合成立的,其信息量豐富、資嫌鍵源廣泛,是目前公認的首選免費蛋白質數據庫。
2、The Human Protein Atlas數據庫
The Human Protein Atlas內含近30000種人類蛋白質的組織和細胞分布信息,并提供免費查詢。
瑞典Knut&Alice Wallenberg基金會利用免疫組化技術,檢查每一種蛋白質在人類48種正常組織,20種腫瘤組織,47個細胞系和12種血液細胞內的分布和表達,其結果用至少576張免疫組化染色圖表示,并經專業人員校對和標引,保證染色結果具有充分的代表性。
3、PhosphoSitePlus數據庫
PhosphoSitePlus數據庫是一個由CST和NIH聯合開發的免費資源數據庫,總結歸納了海量通過科學研究發現的蛋白修飾位點,包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等,并且包括一些CST公司發現但未發表的蛋白修飾位點。
該數據庫是動態的、開放的、高度互動并持續更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理細胞/組織中的作用,同時它也是發現新的疾病標志物和藥物靶點的有力。
性能及歷史
蛋白質數據庫(HPDB),建于2005年5月,動態展示生物大分子立體結構,鼠標點擊放大分子結構、原子定位、測定原子之間距離,可用于教學或科研。服務對象吵蠢是能夠熟練使用中文的生命科學、醫學、藥學、農學、林學等領域的大中專學生、教師及科技工作者。
分子結構特征描述采用漢語,同時提供英文原文以供考證。對于善于使用英文的讀者,我們提倡直接訪問RCSB PDB,一來可以減少網絡擁擠,二來可以減少由于HPDB的翻譯不妥帶來的不便。
蛋白質數據庫(HPDB)對每個蛋白質分子結構說明部分做了中文翻譯(最新加入數據庫的分子除外),內容包括分子結構定性描述、樣品的來源、表達載體、宿主、化學分析方法、分子結構組成成分等。這些信息并同蛋白質分子結構數據存儲于數據庫,因此HPDB支持中文查詢。
蛋白質數據庫(HPDB)雖然翻譯了“分子結構說明”部分,但為了保證數據的可靠性和準確性,HPDB對一級結構序列及大分子結構坐標數據等未做任何改動,數據庫保持RCSB PDB核實后的原始實驗數據文件,并保持PDB文件格式和蛋白質分子編號。
NCBI是團喊者美國國家生物技術信息中心。
美國國家生物技術信息中心(英文全稱:National Center of Biotechnology Information),簡稱:NCBI,塌薯位于馬里蘭州的貝塞斯達,建立于1988年, 是美國國家醫學圖書館(NLM)滲大的一部分。
NCBI有一個多學科的研究小組,包括計算機科學家、分子生物學家、數學家、生物化學家、實驗物理學家和結構生物學家,集中于計算分子生物學的基本的和應用的研究。