目錄生物數據庫的類型有哪些 生物信息學二級數據庫有哪些 生物信息學數據庫有哪四大類 生物信息學數據庫的作用 中國生物信息學數據庫
一般來說所用的分析有在線跟的 下面簡要列舉一些常用在線的使用 1、使用VecScreen，分析下列未知序列，輸出序列長度、載體序列的區域、可能使用的克隆載體都有哪些。一、步驟：
打開google 首頁，搜索VecScreen，進入VecScreen首頁，復制序列，運行，View report。
二、結果：
輸出序列長度918bp，
載體序列的區域456bp——854bp.
克隆載體：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。
2、使用相應，分析下列未知序列的重復序列情況，輸出重復序列的區域、包含的所有重復序列的類型、重復序列的總長度及Masked Sequence。
一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是human的。
進入google首頁，搜索RepeatMasker，進入RepeatMasker主頁，進入RepeatMasking，復制序列，DNA source選擇human，運行！點擊超鏈接，在結果中選擇
Annotation File ：RM2sequpload_1287631711.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore，分析下列未知序列，輸出CpG島的長度、區域、GC數量、所占的百分比及Obs/Exp值。一、步驟：
進入google首頁，搜索CpGPlot，進入CpGPlot主頁，program中選擇cpgreport復制序列，運行！
二、結果：
CpG島的長度：385bp
區域：48——432；
GC數量：Sum C+G=297，百分數=77.14
Obs/Exp：1.01
4、預測下面序列的啟動子，輸出可能的啟動子序列及相應的位置。一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是human的
進入google首頁，搜索Neural Network Promoter Prediction，進入主頁，復制序列，選擇eukaryote，運行！
二、結果：
位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；
5、運用Splice Site Prediction分析下面序列，分別輸滾旁謹出內含子－外顯子剪接位點給體和受體的區域及剪接處位置的堿基。一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是human的
進入google首頁，搜索Splice Site Prediction，進入主頁，復制序列。Organism選擇Human or other。其他默認，運行！
二、結果：
供體：
受體：
6、對下面序列進行六框翻譯，利用GENESCAN綜合分析(首先確定給定序列的物種來源)哪個ORF是正確的，輸出六框翻譯（抓圖）和GENESCAN結果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 兩個部分)。一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是Zea的
進入google首頁；搜索NCBI，進入主頁，選擇all resources（A~Z），選擇O，選擇ORF finder。復制序列，默認，大基運行！
二、結果：ORF圖
三、啟清步驟：進入google首頁，搜索GENESCAN，進入主頁，Organism:Maize， ，其他默認，運行！
四、結果：
G7、進入REBASE限制性內切酶數據庫，輸出AluI、MboI、EcoI三種內酶的Recognition Sequence和Type。
一、步驟：進入google首頁，google in English，搜索REBASE，進入主頁， 分別輸入AluI、MboI、EcoI，運行！
在MboI中選擇第一個，EcoI選擇第二個。
二、結果：
ENSCAN圖
8、使用引物設計，針對下列未知序列設計一對引物，要求引物長度為20-25bp，擴增產物長度300-500bp，退火溫度為50-60℃。請寫出選擇的一對引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相應的GC含量、引物的位點、Tm值和產物長度。一、步驟：進入google首頁，搜索genefisher，進入主頁，復制fasta格式，chechk input， sunmit， ； ；設置一下引物長度為20-25bp，擴增產物長度300-500bp，退火溫度為50-60℃； 。
生物信息學中kog數據庫是什么意思
根據需要從一級數據庫中搜集對象的相關數據集合而成的就是二級數據庫.
像genebank,EMBL這種都是不加選擇的一級數據庫,只要是實驗獲得的,不管什么東西的序列,哪怕是不完整的序列都能上傳,而且它們的數據也有可能有重復.如果有某個人專門研究細菌的鑒定,需要用到正式被認可的16srDNA序列,為了研究方便,把這些一級數據庫的各個種類細菌的公認標準16srDNA序列的數據進行整理,重新構建了一個數據庫,這就是所謂的二級數據庫.如果不構建,直接用一級數據庫做blast,就會得出很多未被承認甚至不完整的序列,還要人工一個個巧襪穗看過去,找出公認的標準序列,這樣就好局很麻煩.我孝卜舉得例子在現實中就是韓國的EzTaxon.
1.是作為生物信息學最重要的專門期刊了。2012年度IF=5.468
2.另外還有Briefingsin，這個雜志每年的發稿量少，最近幾年IF波動很大，第一年24，后來到9，2012年度IF=5.202。
3.稍次一點的雜志，如BMC，也是生物信息學的專刊。2012年度IF=3.447
4.對于計算向的生物信息學，PLOSBiology是一個很好的期刊。明液悄2012年度IF=5.215
5.除此之外，NatureMethod，也會有生物信息學相關的方法發表。2012年度IF=19.276
生物信息學相關的文章不一定要發到專門的生物信息學雜志，因為生物信息學作為一個，已經融入到很多生物問題的研究中，而不僅僅是一門孤立的學科了埋鏈。
PLOSBiology也是很好的雜志，2012年度IF=11.452。PLOSOne也會經常激渣有生物信息學文章，但被批灌水太多，算不得牛刊，2012年度IF=4.092。
生物信息學數據庫的主要數據類型有哪些的呢？
這些數據的類悔梁型估計都是一些講述生碧陸運物的種類、特性、生長、悉哪發育和再生等。
北京大學巖陪局生物信息中心有相關信息介紹，粗讓請參見鏈接亂慶http://www.cbi.pku.edu.cn/chinese/documents/bioinfor/overview/web5/5.html，希望能夠對你有所幫助。
